Для того чтобы программно установить сборку в GAC можно тспользовать класс Publish. Для этого добавьте сборку System.EnterpriseServices.dll в references.

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Text;

using System.EnterpriseServices.Internal;

namespace GacManagement
{
  class Program
  {
    static void Main(string[] args)
    {
      if (args.Length != 2) return;

      Publish publisher = new Publish();

      switch (args[0])
      {
        case "i":
          // Install to GAC
          publisher.GacInstall(args[1]);
          break;
        case "u":
          // Remove from GAC
          publisher.GacRemove(args[1]);
          break;
      }      
    }
  }